Samsun Ve Giresun İllerinden Alınan Su Örneklerinde Cryptosporidium Parvum’un Moleküler Teknikler Kullanılarak Tespit Edilmesi

Abstract

Bu çalışmada, 2012, 2013 sonbahar; 2013, 2014 ilkbahar aylarında Giresun ve Samsun illerinde belirlenen toplam 45 istasyondan 420 çevresel, 120 içme suyu örneği alınmıştır. Alınan su örneklerinden DNA izole edilerek Nested PZR ile 18S rRNA geni, İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) yöntemiyle SAM-1 hedef geni kullanılarak Cryptosporidium parvum’un varlığı araştırılmıştır. Kullanılan iki metotla, Samsun ve Giresun illerinden alınan içme suyu örneklerinin hiç birinde Cryptosporidium DNA’sına rastlanılmamıştır. Samsun il ve ilçelerinden alınan 240 çevresel su örneğinin 101’i (%42) LAMP yöntemi ile, 92’si (%38.3) Nested PZR yöntemi ile Cryptosporidium’un varlığı açısından pozitif bulunmuştur. Giresun il ve ilçelerinden alınan 180 çevresel su örneğinde LAMP yöntemiyle 74 (%41.1), Nested PZR ile 70 (%38.8) örnekte Cryptosporidium DNA’sı tespit edilmiştir. Nested PZR yöntemiyle pozitif olan örnekler PZR-RFLP tekniği kullanılarak RsaI restrüksiyon enzimiyle kesilmiştir. Elde edilen kesim ürünleri değerlendirildiğinde tüm pozitif örneklerin C. parvum türüne ait olduğu gözlenmiştir. 18S rRNA gen bölgesinin çoğaltıldığı PZR ürünlerinden 18 örneğin sekansı alınmıştır. Samsun ve Giresun il sınırlarında yer alan çevresel ve içme suyu kaynaklarında su kökenli protozoonlar ile ilgili çalışmalar yok denecek kadar azdır. Bu çalışmayla araştırma alanında su kirliliğine neden olan su kökenli protozoon Cryptosporidium türlerinin tespiti uluslararası kabul görmüş moleküler tekniklerle sağlanmıştır. Gerek bölgedeki halk sağlığı için tehlikeli protozoonun varlığının tespitiyle halk sağlığını korumaya yönelik temel bir çalışma olması gerekse yapılacak diğer çalışmalar için kaynak oluşturması bu çalışmanın önemini vurgulamaktadır.