Bu çalışmada, Holothuriidae ailesine ait ve Ege denizlerinden örneklenen
Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata ve Holothuria sanctori
türleri incelenmiştir. Türlerin mtDNA üzerinde bulunan 16S rRNA ve COI gen
bölgeleri PZR ile amplifiye edilmiş ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen
veriler GenBank’tan alınan verilerle birlikte değerlendirilerek türler arası ilişkiler
belirlenmiştir.
Filogenetik analizlerde COI gen bölgesi için Holothuria tubulosa, Holothuria
polii, Holothuria mammata olarak 3 farklı türde çalışılmış olunup 6 haplotip
belirlenmiştir. 16S rRNA gen bölgesi için Holothuria tubulosa, Holothuria polii,
Holothuria mammata, Holothuria sanctori olarak 4 farklı tür çalışılmış ve 6 haplotip
belirlenmiştir.
COI ve 16S rRNA gen bölgeleri için haplotip çeşitliliği ve nükleotit çeşitliliği
sırasıyla Hd: 1,000, Pi: 0,09590; Hd: 0,9290, Pi: 0,10408 olarak bulunmuştur. Elde
edilen matrikslerde baz kompozisyonları COI gen bölgesi için A:%27.98, C:%26.43,
G:%18.93 ve T:%26.64 ve 16S gen bölgesi için A: %29.88, C: %23.13, G: %21.30 ve
T: %25.67 olarak belirlenmiştir.
Sonuç olarak bu çalışmada, ülkemiz sularında yayılış gösteren ve önemli ticari
türleri de içerisinde barındıran Holothuroidea ve Stichopodidae familyaları hakkında
oldukça yetersiz ve eksik olan moleküler filogenetik araştırmaların, çalışmada
değerlendirilmiş COI gen bölgesi için 3 türün ve 16S rRNA gen bölgesi için 4 türün
bireyleri mtDNA üzerindeki iki gen bölgesi açısından giderilmiştir. Ayrıca bu
III
çalışmada bazı türler için ilk kez elde edilmiş ve sonraki çalışmalar için referans
olabilecek sekans verileri GenBank’a yüklenecektir.
In this study, the species belongs to the Holothuriidae family which sampled
from Turkish waters (Aegean sea); Holothuria tubulosa, Holothuria polii, Holothuria
mammata and Holothuria sanctori have been examined. 16S rRNA and COI gene
regions which found on the mtDNA were amplified by PCR and sequence analysis has
been performed. The obtained data were evaluated together with the data obtained
from GenBank have been carried inter-species relationships were determined.
In the study, 6 haplotypes for COI gene region, and 6 haplotypes for 16S rRNA
gene region have been identified. Haplotype diversity and nucleotide diversity has
been found for the region COI and 16S rRNA gene, respectively; Hd: 1,000, Pi:
0,9590; Hd: 0,9290, Pi: 0,10408. On the resulting matrices base compositions for the
COI gene region A:%27.98, C:%26.43, G:%18.93, T:%26.64 and for the 16S rRNA
gene region: A: %29.88, C: %23.13, G: %21.30,T: %25.67 has been determined.
According to phylogenetic analysis, the species of Holothuria tubulosa,
Holothuria polii, Holothuria mammata have been researched and 6 haplotypes
detected for COI gene region and for 16S rRNA gene region, 4 species Holothuria
tubulosa, Holothuria polii, Holothuria mammata and Holothuria sanctori have been
researched and for these species 6 haplotypes detected as well.
As a result of the study, data deficiency of families of Holothuriidea and
Stichopodidae which including the commercially important species from Turkish
waters has been improved with this study in terms of three gene regions on mtDNA
for 5 species. In addition, sequence data obtained the first time for some species will
be uploaded to the GenBank in order to be a reference for future studies.
