Bu çalışmada, Gadidae ailesine ait ve ülkemiz denizlerinden örneklenen Merlangius
merlangus euxinus, Trisopterus minutus capelanus, Merluccius merluccius, Gaidropsarus
mediterraneus, Gaidropsarus vulgaris, Phycis phycis ve Phycis blennoides türleri
incelenmiştir. Türlerin mtDNA üzerinde bulunan 12S rRNA ve 16S rRNA bölgeleri PZR ile
amplifiye edilmiş ve dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Elde edilen veriler GenBank’tan alınan
verilerle birlikte değerlendirilerek filogenetik analizler gerçekleştirilmiş ve türler arası
ilişkiler belirlenmiştir.
Çalışmada 12S rRNA gen bölgesi için 6 haplotip ve 16S rRNA gen bölgesi için 10 haplotip
belirlenmiştir. 12S rRNA ve 16S rRNA gen bölgeleri için haplotip çeşitliliği ve nükleotit
çeşitliliği sırasıyla Hd:0.823, Pi:0,09822; Hd:0.867, Pi:0.09822 olarak bulunmuştur. Elde
edilen matrikslerde baz kompozisyonları 12S rRNA gen bölgesi için A:%29.8, C:%25.8,
G:%22.8 ve T:%21.6 ve 16S gen bölgesi için A: %27.98, C: %24.22, G: %22.45 ve T:
%25.35 olarak belirlenmiştir.
Filogenetik analizlerde her iki gen bölgesi için de Gaidropsarus vulgaris ve Gaidropsarus
mediterraneus türleri aynı haplotip içine dahil olmuşlar, Phycis phycis ve Phycis blennoides
türleri ise 16S rRNA gen bölgesi için aynı haplotip içinde yer almışlardır. Oluşturulan
filogenetik ağaçlar üzerinde, çalışılan türler arasında Merlangius merlangus euxinus’ un
atasal haplotip olduğu ve Merluccius türünün ise oluşturulan tüm ağaçlarda diğer
haplotiplerden uzak durduğu görülmüştür.
Sonuç olarak bu çalışmada, ülkemiz sularında yayılış gösteren ve önemli ticari türleri de
içerisinde barındıran Gadidae familyası hakkında oldukça yetersiz ve eksik olan moleküler
filogenetik araştırmaların, çalışmada değerlendirilmiş 7 türün bireyleri için mtDNA üzerinde
ki iki gen bölgesi açısından giderilmiştir. Ayrıca bu çalışmada bazı türler için ilk kez elde
edilmiş ve sonraki çalışmalar için referans olabilecek sekans verileri GenBank’a
yüklenecektir.,
In this study, the species belongs to the Gadidae family which sampled from Turkish waters;
Merlangius merlangus euxinus, Trisopterus minutus capelanus, Merluccius merluccius,
Gaidropsarus mediterraneus, Gaidropsarus vulgaris, Phycis phycis and Phycis blennoides
have been examined. 12S rRNA and 16S rRNA gene regions which found on the mtDNA
were amplified by PCR and sequence analysis has been performed. The obtained data were
evaluated together with the data obtained from GenBank have been carried phylogenetic
analysis and inter-species relationships were determined.
In the study, 6 haplotypes for 12S gene region, and 10 haplotypes for 16S rRNA gene region
have been identified. Haplotype diversity and nucleotide diversity has been found for the
region 12S rRNA and 16S rRNA gene, respectively; Hd:0.823, Pi:0,09822; Hd:0.867,
Pi:0.09822. On the resulting matrices base compositions for the 12S gene region A:%29.8,
C:%25.8, G:%22.8 ve T:%21.6 and for the 16S rRNA gene region: A: %27.98, C: %24.22,
G: %22.45 ve T: %25.35 has been determined.
According to phylogenetic analysis, the species of Gaidropsarus mediterraneus and
Gaidropsarus vulgaris incorporated into the same haplotype for both genes, but species of
Phycis phycis and Phycis blennoides became incorporated into the same haplotype only for
16S rRNA gene region. On the all phylogenetic trees created, it has been observed that
Merlangius merlangus euxinus was an ancestral haplotype and Merluccius haplotype stayed
away from the other haplotypes.
As a result of the study, data deficiency of family of Gadidae which including the
commercially important species from Turkish waters has been improved with this study in
terms of two gene regions on mtDNA for 7 Gadoid species. In addition, sequence data
obtained the first time for some species will be uploaded to the GenBank in order to be a
reference for future studies.
