Nitelikli Biber Islah Hatlarının Genetik ve Bazı Virüs Hastalıklarına Dayanıklılık Yönünden Moleküler Karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışma 2017-2018 yıllarında Ordu Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü Biyoteknoloji laboratuvarında yürütülmüştür. Denemede kullanılan 35 adet kendilenmiş ve saflaştırılmış nitelikli biber ıslah hatları ile 3 adet ticari biber çeşidi Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğünden temin edilmiştir. Çalışmada 19 adet SRAP primer kombinasyonu kullanılarak biber hatlarının genetik karakterizasyonu yapılmıştır. Ayrıca biber ıslah hatlarında moleküler markırlar yardımıyla PVY, TSWV ve PMMoV’ne dayanıklılık taramaları yapılmıştır. Üç burun biber tipine sahip G13 ıslah hattı her üç hastalığa da dayanıklı çıkmıştır. 19 SRAP markırı toplam 85 allel üretmiş ve bunların 56’sı biber hatları arasında polimorfizm göstermiştir. Primer kombinasyonu başına ortalama polimorfik allel sayısı 2.94 olarak tespit edilmiştir. Primer kombinasyonlarının ortalama polimorfizm bilgi içeriği değerleri 0.17 ile 0.98 arasında değişmiş ortalama 0.58 bulunmuştur. ME01+EM02 ile ME18+EM11 primer kombinasyonlarından en yüksek polimorfik allel sayıları (6 allel) elde edilmiştir. ME04+EM08 primer kombinasyonunun polimorfizm bilgi içeriği değeri de 0.98 olarak belirlenmiştir. SRAP markırları verilerine dayalı oluşturulan dendrogramda biber ıslah hatları 5 ana gruba ayrılmıştır. Biber hatlarının benzerlik indeks değerleri 0.35 ile 0.97 arasında değişmiştir. Korelasyon matrisinin dengrograma yansımasını gösteren mantel test değeri r = 0.90 olarak hesaplanmıştır. Temel bileşen eksenlerinden ilk 4’ü biber hatları arasındaki toplam varyasyonun % 84.9’unu açıklamıştır.,This study was conducted in biotechnology laboratory of Ordu University Agricultural Faculty Department of Horticulture during 2017-2018. Thirty-five pepper breeding lines and 3 commercial pepper varieties were kindly provided from Blacksea Agricultural Research Institute. Total 19 SRAP primer combinations were used to genetically characterization of pepper breeding lines. Additionally those lines were screened by molecular markers for PVY, TSWV and PMMoV. The line G13 (üçburun pepper type) was found to be resistance for 3 of the viruses. 19 SRAP primer combinations produced total 85 alleles and 56 alleles were polymorphic for tested pepper lines. Average polymorphic allele number per primer combinations were 2.94. PIC of the primer combinations were ranged between 0.17 and 0.98 and mean value was calculated as 0.58. The primer combinations ME01+EM02 and ME18+EM11 gave the highest polymorphic allele numbers (6 alleles). The highest PIC value 0.98 was obtained from the ME04+EM08 primer combination. Dendrogram, drawn by SRAP marker data, separated the pepper lines into five groups. Similarity index values of pepper lines were changed between 0.35 and 0.97. Mantel test value, represent for correlation matrix in dendrogram, was calculated as r = 0.90. The first 4 axis of the PCA was expalned 84.9 % of total variation among the elite pepper breeding lines.

This study was conducted in biotechnology laboratory of Ordu University Agricultural Faculty Department of Horticulture during 2017-2018. Thirty-five pepper breeding lines and 3 commercial pepper varieties were kindly provided from Blacksea Agricultural Research Institute. Total 19 SRAP primer combinations were used to genetically characterization of pepper breeding lines. Additionally those lines were screened by molecular markers for PVY, TSWV and PMMoV. The line G13 (üçburun pepper type) was found to be resistance for 3 of the viruses. 19 SRAP primer combinations produced total 85 alleles and 56 alleles were polymorphic for tested pepper lines. Average polymorphic allele number per primer combinations were 2.94. PIC of the primer combinations were ranged between 0.17 and 0.98 and mean value was calculated as 0.58. The primer combinations ME01+EM02 and ME18+EM11 gave the highest polymorphic allele numbers (6 alleles). The highest PIC value 0.98 was obtained from the ME04+EM08 primer combination. Dendrogram, drawn by SRAP marker data, separated the pepper lines into five groups. Similarity index values of pepper lines were changed between 0.35 and 0.97. Mantel test value, represent for correlation matrix in dendrogram, was calculated as r = 0.90. The first 4 axis of the PCA was expalned 84.9 % of total variation among the elite pepper breeding lines.